Sesuai dengan ajaran Firman Tuhan di dalam kitab Ibrani 10:25: “Janganlah kita menjauhkan diri dari pertemuan-pertemuan ibadah kita, seperti dibiasakan oleh beberapa orang, tetapi marilah kita saling menasihati, dan semakin giat melakukannya menjelang hari Tuhan yang mendekat.”
Atas dasar ayat tersebut beberapa orang yang mempunyai kerinduan untuk mempelajari firman Tuhan dan memuliakan Tuhan Yesus Kristus, memulai melakukan Persekutuan Doa di garasi tempat tinggal Pdt. Stockwell Sears, Jalan Galuh I No. 11, Jakarta Selatan pada tahun 1961.
Seiring berjalannya waktu, jemaat semakin bertambah banyak, akhirnya memutuskan untuk membeli sebidang tanah di Jalan Tirtayasa Raya, Kebayoran Baru, Jakarta Selatan.
Karena kuasa & kemurahan Tuhan, sembari menunggu pembangunan rumah ibadah yang dirancang oleh Ir. Poei, jemaat yang ada diperkenankan untuk beribadah menggunakan salah satu ruang kelas di SMEA 3 Jakarta Selatan.
Pada 1 September 1963, ditandatangani sebuah Piagam Geredja Baptis Kebajoran oleh 15 orang anggota. Pada waktu bersamaan, selesai pula pembangunan rumah ibadah dan diresmikan menjadi tempat beribadah bagi jemaat Tuhan di daerah Kebayoran dan sekitarnya. Peristiwa ini merupakan sejarah bagi umat Baptis di Indonesia.
Dengan berpedoman pada pernyataan yang dituangkan pada Anggaran Dasar, Gereja Baptis Indonesia Kebayoran resmi melakukan pelayanan dan penggembalaan sesuai dengan Amanat Agung Tuhan Yesus Kristus.